Là doanh nghiệp có hoạt động xuất nhập khẩu theo các loại hình gia công, sản xuất xuất khẩu hay chế xuất, bạn chắc chắn không còn xa lạ với Báo cáo Quyết toán Hải quan. Tuy nhiên, việc lập báo cáo này sao cho đúng, đủ và chính xác đòi hỏi sự hiểu biết sâu sắc về cả quy trình quản lý nội bộ lẫn yêu cầu từ cơ quan hải quan. Bài viết này chính là cẩm nang chi tiết, tập trung vào việc hướng dẫn từng bước cụ thể để bạn tự tin lập và nộp báo cáo quyết toán hải quan theo thông tư 39/2018/TT-BTC.
1 Báo cáo quyết toán hải quan là gì?
Báo cáo quyết toán hải quan là công việc bắt buộc phải làm của doanh nghiệp gia công (gia công ngược), sản xuất xuất khẩu, chế xuất. Theo đó, doanh nghiệp phải đối chiếu lượng nguyên liệu nhập khẩu với thành phẩm xuất khẩu thông qua định mức tiêu hao nguyên vật liệu.
Tổ chức, cá nhân thực hiện nhập khẩu hàng hóa theo loại hình gia công cho thương nhân nước ngoài, sản xuất xuất khẩu và doanh nghiệp chế xuất nhập khẩu hàng hóa để sản xuất, gia công, tái chế, lắp ráp tại khu chế xuất đều có nghĩa vụ lập và nộp Báo cáo Quyết toán.
Theo quy định tại Thông tư 39/2018/TT-BTC, thời hạn nộp Báo cáo Quyết toán của năm tài chính (hoặc năm dương lịch đối với doanh nghiệp không có năm tài chính) là chậm nhất là ngày thứ 90 kể từ ngày kết thúc năm tài chính hoặc năm dương lịch.
Việc không lập, nộp hoặc nộp chậm thời hạn Báo cáo Quyết toán Hải quan là vi phạm quy định pháp luật về hải quan. Doanh nghiệp có thể phải đối mặt với các hình thức xử phạt vi phạm hành chính theo quy định của pháp luật, bao gồm:
- Phạt tiền theo mức độ chậm nộp hoặc vi phạm.
- Bị đánh giá là doanh nghiệp có rủi ro cao, dẫn đến tăng cường kiểm tra của cơ quan hải quan (kiểm tra sau thông quan).
- Ảnh hưởng đến uy tín và hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp.
Do đó, việc nắm vững quy định về đối tượng và thời hạn, cũng như thực hiện báo cáo một cách chính xác và đúng hạn là vô cùng quan trọng.
2 Hướng dẫn mẫu báo cáo quyết toán hải quan theo thông tư 39
Mẫu báo cáo quyết toán hải quan bao gồm 5 mẫu sau:
- Mẫu số 15/BCQT-NVL/GSQL
- Mẫu số 15a/BCQTSP-GSQL
- Mẫu số 15b/BCQT-NLVTNN/GSQL
- Mẫu số 15c/BCQT-SPNN/GSQL
- Mẫu số 16/DMTT-GSQL
Dưới đây Liên Việt sẽ hướng dẫn chi tiết cách viết báo cáo quyết toán hải quan theo thông tư 39 kèm mẫu chuẩn theo quy định của Bộ tài chính.
Mẫu 15/BCQT-NVL/GSQL báo cáo quyết toán hải quan theo thông tư 39

Xem hướng dẫn lập Mẫu số 15/BCQT-NVL/GSQL: Tại đây
Mẫu 15a/BCQT-SP/GSQL báo cáo quyết toán hải quan theo thông tư 39

Xem hướng dẫn lập Mẫu số 15a/BCQT-SP/GSQL: Tại đây
Mẫu 15b/BCQT-NLVTNN/GSQL báo cáo quyết toán hải quan theo thông tư 39

Xem hướng dẫn lập Mẫu số 15b/BCQT-NLVTNN/GSQL: Tại đây
Mẫu 15c/BCQT-SPNN/GSQL báo cáo quyết toán hải quan theo thông tư 39

Xem hướng dẫn lập mẫu số 15c/BCQT-SPNN/GSQL: Tại đây
Mẫu 16/ĐMTT/GSQL báo cáo quyết toán hải quan theo thông tư 39

Xem hướng dẫn lập Mẫu số 16/ĐMTT-GSQL: Tại đây
3 Hướng dẫn quy trình lập báo cáo quyết toán hải quan theo thông tư 39
Việc lập Báo cáo Quyết toán theo Thông tư 39 đòi hỏi sự cẩn trọng và hệ thống. Dưới đây là các bước chi tiết cần thực hiện:
Bước 1: Chuẩn bị dữ liệu và sổ sách liên quan
Đây là bước nền tảng, quyết định sự chính xác của báo cáo. Doanh nghiệp cần thu thập và tổng hợp các loại dữ liệu sau:
- Dữ liệu Nhập khẩu: Tình hình nhập khẩu nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị theo từng tờ khai hải quan (loại hình gia công, SXXK, DNCX) trong kỳ báo cáo.
- Dữ liệu Xuất khẩu: Tình hình xuất khẩu thành phẩm, sản phẩm gia công tương ứng với nguyên liệu đã nhập khẩu.
- Dữ liệu Tồn kho: Số lượng tồn kho nguyên liệu, vật tư, bán thành phẩm, thành phẩm tại thời điểm đầu kỳ và cuối kỳ báo cáo.
- Dữ liệu Sử dụng: Lượng nguyên liệu, vật tư thực tế đưa vào sản xuất/gia công để tạo ra thành phẩm đã xuất khẩu hoặc tồn kho.
- Dữ liệu Phế liệu, Phế phẩm: Lượng phế liệu, phế phẩm thu được từ quá trình sản xuất/gia công.
- Định mức tiêu hao: Định mức thực tế sử dụng nguyên liệu để sản xuất ra một đơn vị thành phẩm.
Doanh nghiệp cần đối chiếu số liệu giữa hệ thống nội bộ (sổ sách, quản lý kho) với dữ liệu trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan (VNACCS/VCIS). Sự chênh lệch (nếu có) cần được rà soát, xác định nguyên nhân và có giải trình phù hợp trước khi lập báo cáo chính thức. Đây là bước thường phát sinh sai sót.
Bước 2: Lập biểu mẫu theo quy định
Bạn có thể tải mẫu biểu chính thức này từ website của Tổng cục Hải quan hoặc Bộ Tài chính, hoặc các cổng thông tin hải quan điện tử uy tín.
Hoặc tải các biểu mẫu chính xác Tại đây.
Bước 3: Kiểm tra, đối chiếu và hoàn thiện báo cáo
Sau khi điền số liệu vào mẫu biểu, bước kiểm tra và đối chiếu là vô cùng quan trọng để phát hiện sai sót:
- Kiểm tra tính logic: Rà soát lại các công thức tính toán trong báo cáo, đảm bảo nguyên tắc cân đối nhập-xuất-tồn được tuân thủ.
- Đối chiếu với sổ sách nội bộ: So sánh số liệu trên báo cáo với dữ liệu từ hệ thống kế toán, quản lý kho, sản xuất của doanh nghiệp.
- Đối chiếu với dữ liệu hải quan: So sánh tổng số liệu nhập, xuất trên báo cáo với dữ liệu tờ khai trên hệ thống VNACCS/VCIS.
- Kiểm tra tính chính xác của thông tin chung: Đảm bảo tên doanh nghiệp, mã số thuế, kỳ báo cáo được điền đúng.
Bước 4: Nộp báo cáo quyết toán Hải quan qua hệ thống điện tử
Theo quy định của Thông tư 39, Báo cáo Quyết toán Hải quan được nộp qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan (VNACCS/VCIS).
Quy trình nộp cơ bản:
- Doanh nghiệp truy cập vào Hệ thống VNACCS/VCIS (https://www.customs.gov.vn/) thông qua phần mềm khai báo hải quan đã đăng ký.
- Lập hoặc nhập dữ liệu báo cáo theo định dạng mà hệ thống chấp nhận (thường là định dạng XML).
- Ký số (sử dụng chữ ký số) để xác nhận tính pháp lý của báo cáo.
- Gửi báo cáo đến cơ quan hải quan thông qua hệ thống.
- Sau khi nộp thành công, hệ thống sẽ trả về thông báo xác nhận đã tiếp nhận báo cáo. Doanh nghiệp nên lưu giữ thông báo này.
Trong trường hợp gặp vướng mắc về kỹ thuật khi nộp qua hệ thống, doanh nghiệp cần liên hệ bộ phận hỗ trợ của phần mềm khai báo hoặc cơ quan hải quan quản lý.
Xem thêm:
- Lịch thi chứng chỉ nghiệp vụ hải quan 2025 mới nhất
- Đề thi chứng chỉ nghiệp vụ khai báo hải quan mới nhất
Lập và nộp Báo cáo Quyết toán Hải quan theo Thông tư 39/2018/TT-BTC là một nghĩa vụ pháp lý bắt buộc và quan trọng đối với các doanh nghiệp gia công, sản xuất xuất khẩu và chế xuất. Việc tuân thủ đúng quy định không chỉ giúp doanh nghiệp tránh được các rủi ro về phạt vi phạm hành chính, kiểm tra sau thông quan phiền phức, mà còn thể hiện sự chuyên nghiệp và minh bạch trong hoạt động.